Als Schule in Freier Trägerschaft bietet sich der Annie Heuser Schule die Möglichkeit, die unterrichtlichen Inhalte frei zu gestalten. Im Waldorflehrplan können daher Gewichtung und Platzierung der Lerninhalte altersgemäß und entwicklungsorientiert angelegt werden.
Freie Trägerschaft bedeutet darüber hinaus, dass die Schule nicht durch einen staatlichen Träger organisiert wird, sondern einen eigenen Träger hat, im Fall der Annie Heuser Schule ist dies der Annie Heuser Schule e.V.. Die Mitgliederversammlung, der Eltern und Mitarbeiter:innen angehören, wählt einen möglichst paritätisch besetzten Vorstand (Eltern und Pädagog:innen), der eine Geschäftsführerin oder einen Geschäftsführer mit dem Tagesgeschäft betraut und welcher die wirtschaftlich-rechtlichen Belange der Schule verantwortet.