Die Schüler:innen der Klassen 10 bis 12 bilden die Oberstufe der Annie Heuser Schule. Die Waldorfschulzeit endet mit dem Waldorfabschluss am Ende der 12.Klasse. Dazu gehören künstlerisch-praktische Projekte, die Erarbeitung eines Theaterstücks und eine Studienfahrt. Die Annie Heuser Schule führt zu allen staatlichen Abschlüssen.
In der Oberstufe gibt es weiterhin – wie schon in der Mittelstufe – zwei Klassenbetreuer:innen je Klasse. Sie begleiten die Schülerinnen und Schüler durch diese Zeit und sind Ansprechpartner:innen für die Eltern. Sie sind zuständig für administrative Dinge und stehen für individuelle Gespräche mit den Schüler:innen über deren Entwicklung und Berufsfindung zur Verfügung. Die Klassenbetreuer:innen teilen sich diese Aufgabe mit den Fachkolleg:innen.